8月27日，受低气压发展过境影响，北海道太平洋沿岸遭遇强降雨，室兰本线长万部附近造成多处线路受损。其中，有珠—长和区间一列回送列车撞上随泥沙冲入线路的倒木后脱轨，静狩—小幌区间出现路基流失、泥沙侵入和线路积水。受此影响，札幌—函馆之间的特急「北斗」全部停运。
27日22时30分左右，由洞爷开往札幌的回送列车回9021D运行至室兰本线有珠—长和区间，在新Entomo隧道入口前撞上倒木并停车，最前方车辆第1轴的车轮向列车行驶方向右侧脱轨。该列车由KIHA 261系担当，共有6节车厢，事故没有造成人员受伤。这趟回送列车原本担当当天开往函馆的「北斗」20号。列车18时50分左右抵达洞爷后，由于前方降雨临时停运，车上76名乘客下车改为巴士接驳，列车随后改为回送札幌后发生事故。回送列车脱轨距离约170米，沿途部分轨枕受损。事发前最后一列通过该区间的是19时18分驶过的95次货物列车，当时没有发现异常。
大雨导致新Entomo隧道长万部一侧入口附近的边坡坍塌，约100立方米泥沙和倒木涌入轨道，范围长约16米。此外，室兰本线静狩—小幌区间发现多处泥沙侵入、路基流失、桥涵堵塞和线路积水。从JR北海道公布的现场图看，沿线多座隧道附近以及小幌站两侧出现泥沙覆盖轨道的情况，其中一处隧道内出现明显积水。部分地点没有可供施工车辆进入的道路，JR北海道因此预计抢修需要较长时间。
为了维持交通，JR北海道从8月30日起安排巴士代行方案。札幌—东室兰区间由特急「铃兰」运行，东室兰—长万部区间采用代行巴士进行接驳，中途仅停靠伊达纹别及洞爷两站；长万部—函馆区间增开临时快速列车，停靠八云、森、大沼公园、新函馆北斗及五稜郭等主要车站，乘客可凭JR车票乘坐。不过，这套方案需要在东室兰和长万部连续换乘。代行巴士上下行每天各开2班，一旦巴士晚点，前往本州方向的乘客就可能赶不上新函馆北斗站衔接的北海道新干线。事实上，铁路中断后，8月29日和30日札幌—函馆间的巴士已经满座，部分班次只能临时增加车辆。
目前，JR北海道计划从9月2日傍晚起恢复丰浦—伊达纹别间列车运行，长万部—丰浦区间继续停运。原定停运至9月3日的静狩—小幌区间由于施工条件差，推迟至9月7日以后恢复运行。同时，9月3日以后的具体列车安排和巴士代行方案另行通知。