6月中旬，4列运行中的E8系在同一天同几乎同一时段在不同区间发生故障，导致东北、山形、秋田新干线停运长达近5个小时，保险起见E8系目前也没有恢复单独运行，而是与东北新干线重联。最近JR东发布了调查报告以及之后的运行计划。
部分新制造的半导体元件所需的控制电流较老款更高，导致流经控制基板的电流超出了原有设定，加上夏日气温飙升，在“高电流”和“高温度”的双重夹击下，控制基板上的保护元件发生了错误介入切断了控制电流，导致其直接烧毁损坏。最终辅助电源装置停止工作，车也就地趴窝了。
这个问题仅影响较新制造的E8系列车，第6编组及以前的E8系以及E6系列车则不受影响。JR东日本将对所有E8系的辅助电源装置进行修改，重新设定参数，8月1日起E8系单独运转将分阶段恢复。