7月28日下午4时27分，日本九州熊本县发生7.1级地震，九州新干线因此一度全线停运。目前博多—筑后船小屋已恢复运行，今天（8月7日）起，新水俣—鹿儿岛中央区间将以减少班次的方式恢复。而离震源最近的熊本—新水俣区间受损情况超出预期，8月内无法恢复运行。
JR九州在本次地震中受到的铁路设施损伤十分严重，新水俣—鹿儿岛中央虽然恢复运行，但在这个区间内没有任何车辆基地。JR九州只能利用现有可用车辆，在新水俣和鹿儿岛中央之间以类似「拉风箱」的方式往返运行。根据临时运行时刻表，8月7日至8月16日期间，新水俣—鹿儿岛中央区间每天仅安排6对列车，全车均为自由席、不设置Green车。日中低谷时段有约6小时不安排运行，对于新干线来说极为罕见。
一般日本铁路的班次有一个很高的下限（相较于部分国家一周3对的高铁来说），无法达到这一水平更倾向于完全停运。而能运行的就会代表能维持一定密度。通通在10年前的熊本地震后就坐过九州新干线，那时班次已基本正常但在熊本附近依然会限速运行。
但此次九州新干线恢复后的列车数量，已经接近一些地方赤字线路的水平。宁可班次稀疏也要恢复，并只在中午前和傍晚后运行，相信是考虑到打工人的通勤需求。九州新干线的并行在来线肥萨橙铁道（原属JR鹿儿岛本线）同样遭受重创，八代—水俣停运中，无法作为替代。
按照规定，新干线列车必须在运行满30天或3万公里以内返回车辆基地进行常规检查，只能利用仅存的资源维持南段最基本的运营。与此同时，由于无法在车辆基地进行整备作业，列车内的卫生间也将无法使用。同时，JR九州表示将在8月17日后增加该区间的运行频次，具体时刻另行公布。
对于想要在九州岛使用铁路南北纵断的旅客来说，现阶段新干线和在来线都无法运行的状态，让接驳变得异常艰难。